Ni Dieu ni gène est le titre d'un livre de de Jean-Jacques Kupiec et Pierre Sonigo qui ouvre des pistes de réflexion intéressantes pour étendre les mécanismes du hasard et de la sélection à l’intérieur même de l’organisme, plus précisément dans les domaines de l’ontogenèse et de l’immunologie.

Incluant une critique approfondie de la notion d’espèce, mentionnant qu’il n’est pas possible de la définir de manière objective et satisfaisante. Qu’il y a probablement autant de définitions que de chercheurs s’étant posé la question et qu’elles se répartissent en trois grands groupes selon le critère de la reproduction, de la généalogie ou de la structure1.

La révolution scientifique a remplacé le système essentialiste par des lois universelles. Avec la spécificité, c’est la finalité qui a disparu de la science. Les électrons et les protons n’ont pas de spécificité ni de finalité. La science a des invariants mais ce sont les lois de transformation des êtres qui sont invariantes non les êtres eux-mêmes. La notion d’espèce a disparu de la physique, mettant en apparence fin à la querelle des universaux. Sauf que la biologie a raté ce tournant.

La révolution copernicienne de la biologie ne s'est pas accomplie pleinement parce que la notion d'espèce n'a pas pu être résolue complètement. La biologie restera prisonnière de la métaphysique d’Aristote si elle ne se libère pas de l’espèce. Si les espèces n’existent pas, les différences spécifiques n’existent pas non plus. Si les différences spécifiques n’existent pas, les différences accidentelles perdent également leur pertinence. Tout le concept spécifique se dissout et avec lui le mode de pensée et de connaissance absolue fondées sur le tout ou rien. Il y a un passage du qualitatif vers le relatif et un pas vers la mesure. La notion de spécificité n’est pas quantifiable.

Or sortir de la scolastique inquantifiable passe par le passage de la spécificité inquantifiable à la mesure des paramètres des phénomènes qui les quantifient.

Darwin a voulu abandonner cette métaphysique, rejetant la conception réaliste de l'espèce, le fixisme et la barrière reproductive des espèces.

Pour lui, les barrières de stérilité sont une conséquence d'autres propriétés et pas une propriété dont les espèces ont été spécialement dotées. À force de diverger, certains individus sont devenus trop éloignés pour se reproduire. Les barrières reproductives ne sont plus la cause de la spéciation mais sa conséquence.

Avant l’évolution la question était : pourquoi il y a-t-il des êtres différents ? Réponse : par la volonté de Dieu.

Les êtres primitifs ressemblaient aux idées de Platon ou aux moules d'Aristote.

Aujourd’hui la réponse est : par la sélection, qui ne laisse subsister que certaines formes, créant des groupes identifiables. Un système fondé sur la spécificité ne crée pas d'ordre.

Les individus restent perdus dans le flou de leurs différences. C'est parce que les relations entre les composants d'un écosystème possèdent un grand degré de liberté qu'il peut y avoir des regroupements d'individus identifiables en espèces. La sélection naturelle est un principe de création d'ordre à partir du désordre de ces relations non spécifiques.

La notion d’espèce nominaliste de Darwin fut mal comprise et très vite oubliée. Peu de néodarwiniens en comprennent l’importance.

Des auteurs postérieurs, tels que généticiens ou naturalistes comme Mayr, ont renoué avec une vision réaliste de l’espèce, malgré la connaissance qu’ils avaient de ces données. Mayr, en particulier, a réintroduit la définition biologique de l'espèce par communauté d'individus isolés par une barrière des espèces.

Si l’on opte pour le réalisme de l'espèce on adopte dans la foulée la métaphysique d'Aristote.

Et la génétique naissante a rejeté Darwin. Dès la fin du XIXème siècle, Hugo De Vries a opéré un retour en arrière vers le réalisme des espèces.

Pour De Vries les espèces sont bien réelles, correspondent à des invariants, et la transition s'opère par des mutations. À ses yeux, la mutation est donc quelque chose qui induit un changement beaucoup plus radical que ce que l'on indique aujourd’hui par ce terme. Elle permettrait de définir ce qu’il appelle l’espèce élémentaire. Ce serait l’espèce véritable, enfin découverte. Différente des espèces systémiques des classificateurs.

Leurs limites semblent indéterminées et on ne peut les fixer que dans de très rares cas. Il va plus loin encore en réintroduisant la dualité différence spécifique / différence accidentelle (mutations et fluctuations).

Décisions métaphysiques. On n’avait vraiment pas beaucoup avancé depuis le moyen-âge !

La génétique a entraîné un recul de la vision matérialiste darwinienne du monde. Elle a réintroduit la philosophie d'Aristote en brisant le lien matériel entre ancêtres et descendants pour y substituer le lien virtuel du programme génétique contenu dans l'ADN.

L'information génétique est l'équivalent de la forme d'Aristote. Les petits pois de Mendel décrivent l'individu découpés en caractères (unités d'hérédités). Malheureusement, le cas est rare. Comment découper l'individu en caractères discrets de manière objective ? Comment faire la différence entre une grande et une petite taille ? Combien de couleurs de cheveux ? Par quelle magie il y aurait-il une correspondance entre notre perception subjective des caractères et l'existence objective des gènes ? Le programme génétique correspond à la notion de moule d’Aristote, supposée définir un plan caractéristique de l'espèce. Que reste-il de cette notion si l'individu varie à l'infini ? Pour Darwin, il n'y a pas deux individus coulés dans le même moule.

Wilhem Johanssen a complété le retour au dualisme essence / existence amorcé par Mendel et De Vries. Introduit les notions de génotype et de phénotype.

Au départ, ces notions étaient statistiques. Le phénotype était le type moyen observé dans une population ayant le même génotype. Dans ce cas, la dualité génotype / phénotype est équivalente à la dualité essence / existence.

La définition fut abandonnée car il existe une réelle plasticité du phénotype selon l'environnement. La réalisation des caractères du phénotype résulte en fait de l'interaction du milieu et des gènes. Le génotype détermine alors un champ de phénotypes potentiels. Par exemple la pléiotropie représente l’expression de plusieurs caractères phénotypiques différents par un gène. La polygénie implique plusieurs gènes pour un caractère.

Dans l'expression variable, un gène correspond à plusieurs phénotypes plus ou moins probables. La notion de gène comme déterminant des caractères est devenue extrêmement fragile, voire impossible à tenir. On peut cependant encore parler de gènes impliqués dans ou associés à des caractères.

Le néodarwinisme est la fusion de la génétique et de l'évolution. Pour simplifier, on garde la sélection naturelle en rejetant le fond théorique de Darwin et on essaye de la faire coller avec une vision réaliste de l'espèce. Les modèles de régulation des gènes fondés sur la spécificité mènent à une vision hiérarchisée du génome : toutes les séquences d'ADN ne sont pas de même nature. Cela rejoint la vision d'Aristote. Les segments d'ADN ont une « nature ».

Du coup, ces séquences sont pourvues d’une propriété que ne possèdent pas les autres segments. Une inflation de termes descriptifs de ces «natures» fait office d’explication.

Comme chez Aristote pour qui le «bas» est le lieu naturel des objets lourds.

Cette vision hiérarchisée n'explique pas les phénomènes de régulation qui sont des propriétés actives de la vie cellulaire et non des séquences figées de l’ADN. Il manque un principe général de fonctionnement de la chromatine2 qui serait valable pour toutes les cellules, capable d’expliquer toute situation particulière se produisant dans les différentes cellules d’un organisme.

La théorie du programme génétique est simple et apporte réponse à tout. Pourquoi avons-nous un cerveau ? Parce que le programme génétique a fait un cerveau. Un foie ? Parce que le programme génétique a fait un foie.

Cette théorie est une vision pré-darwinienne. Ce n'est qu'une version moderne de la Création.

Il est irréfutable et personne ne peut dire où il se trouve et comment il fonctionne.

Le programme ne peut être sélectionné par la sélection naturelle et donc ne peut préexister à la fonction elle-même. La théorie darwinienne ne s’appliquerait pas au niveau cellulaire.

Le défi est de comprendre la biologie non par un programme mais par la sélection naturelle qui ne voit pas plus loin que son nom et qui construit parfaitement le présent, ici et maintenant.

Il ne faut pas nier la notion d'espèce mais transcender la question en proposant une théorie qui ne soit pas basée sur la notion de spécificité.

La notion de gène semble aujourd'hui une obligation, la plus assurée et la plus évidente qui soit, pour expliquer l'hérédité et la reproduction ; pourtant, elle ne l'est pas. Ce n'est pas parce qu'un phénomène se reproduit à peu près à l’identique à lui-même qu'il faut supposer un gène sous-jacent. Il n'y a pas de gène du printemps.

L'erreur génétique consiste à faire de la corrélation avec les gènes la causalité essentielle des phénomènes.

L’idée du modèle présenté par Kupiec et Sonigo est que l'expression du génome est aléatoire.

Cela ne signifie pas qu'elle n'est pas reproductible. L’hérédité n'est pas comprise dans l'ADN mais dans les tirages aléatoires de la sélection naturelle. Elle ne consiste pas dans la transmission d'un code mais dans la reproductibilité de phénomènes aléatoires.

Rien n'est transmis à proprement parlé. Les mêmes causes produisent les mêmes effets. Les variations darwiniennes ne sont pas des miracles ; elles portent sur des événements hautement probables.

Ce sont donc les principes de cette sélection qu’il faut comprendre, plutôt que d’essayer désespérément de lire dans les gènes ce qui n’y est pas. La sélection naturelle ne planifie rien et n'invente rien. Il s’en suit que l’ontogenèse n’est plus la réalisation d’un programme génétique mais un processus ouvert au cours duquel se forme un individu parmi plusieurs possibles.

C’est l’émergence d’un nouveau concept : la liberté biologique. La liberté d'interaction moléculaire devient un élément central, source des événements aléatoires. Il n'y a pas d'origine localisée dans le processus. La molécule ne fabrique pas plus l'organisme que l'inverse.

Chassé de la nature extérieure, l'anthropocentrisme s'était réfugié en nous-même.

Les auteurs rendent leur liberté aux cellules qui nous font vivre. Les cellules ne vivent pas pour nous faire vivre mais pour vivre elles-mêmes. Et les molécules ne sont prisonnières que de leur histoire.

La hiérarchie réductionniste doit faire place à la liberté et l'égalité. Le réductionnisme est remplacé par des interactions montantes et descendantes. Les parties et le tout ont le même statut.

La vie n'est pas une machine, mais une conjonction d’intérêts.

Du fait de la liberté des éléments dont nous sommes faits, les équilibres naturels sont transitoires. Ils ne résultent pas de l’immobilité mais de mouvements opposés qui se compensent.

C’est pour cela que nous devons grandir pour vieillir ensuite, plutôt que d’être immuables et éternels, ce qui serait en fait beaucoup plus simple.


Sans doute n’est-on pas obligé d’adhérer à la théorie de Kupiec et Sanigo. Mais cela implique de relever un fameux défi : expliquer pourquoi les mécanismes aveugles de la variation, de la reproduction et de la sélection qui ont façonné les organismes ne s’appliqueraient pas à l’intérieur de ces mêmes organismes.

La stéréospécificité, solution quasi universelle prisée par Monod, ne semble pas être à la hauteur des espérances qu’il avait mises en elle. Recherchées depuis près d’un siècle, les molécules spécifiques de l’ontogenèse n’ont jamais été trouvées. Si des molécules intervenant dans l’ontogenèse ont bien été trouvées, elles n’ont pas le caractère d’exclusivité escompté. Elles sont bien au contraire capables d’interagir avec de nombreux partenaires et elles sont actives dans la différenciation de nombreux tissus.

Et nos auteurs de conclure que les entités idéales n’existent que dans l’esprit humain. Les interactions spécifiques entre molécules aussi. Monod feignait de regretter que, pour les contempteurs des idées, ce progrès, auxquels ils contribuent, leur donne invariablement tort. Vraiment ?

1J.-J. Kupiec & P. Somigo, Ni Dieu ni géne (Pour une autre théorie de l’hérédité), p17, Éditions du Seuil, 2000

2Structure au sein de laquelle l'ADN se trouve empaqueté et compacté dans le volume limité du noyau des cellules eucaryotes.